Происхождение могильника близ Эльтюбю объясняют по-разному. По одной версии, склепы и усыпальницы жителям села приходилось возводить из-за особенностей рельефа местности: хоронить в земле здесь было довольно затруднительно. Другая гипотеза предполагает, что такие строения – наследие раннего средневековья, в тот период среди алан появились последователи зороастризма. Эта религия исключала осквернение священных стихий земли и огня, поэтому покойников нельзя было ни закапывать, ни сжигать. Зороастризм на Кавказе был достаточно быстро вытеснен другими верованиями, но обычай помещать умерших в склепы остался. Непохожие друг на друга типы могильников свидетельствуют о том, что сооружены они все были в разное время под влиянием господствующей в тот или иной период религии.
По результатам археологических раскопок, ученые относят имеющиеся на территории кабардино-балкарского Города мертвых захоронения к X-XVIIвекам. А обнаруженные исследователями погребения по большей части были совершены по мусульманским обычаям.