Основан в конце XV- нач. XVI в монахом переславского Горицкого монастыря Даниилом. Монастырские строения были возведены на месте бывшего "божедомья" или "скудельниц". Так называли в те времена братские могилы, в которых хоронили скончавшихся, чаще всего в пути, без церковного покаяния или безродных людей. Существует легенда, нашедшая отражение в "житии" Даниила, что и после основания монастыря он собирал по дорогам тела умерших, отпевал и хоронил их на его территории, а также помогал больным и убогим. Молитвы Даниила помогли появлению на свет наследника царского престола - будущего Ивана IV (Грозного), крестным отцом которого он и был избран.
Монастырь серьезно пострадал в Смутное время. Заново отстроен во второй половине XVII в. на средства бояр Барятинских. На протяжении нескольких столетий был одним из самых богатых в Переславле. Упразднен в 1923 году. Возобновлен в 1995 году как мужской монастырь русской православной церкви.