Справа, Спасский собор монастыря — древнейший из сохранившихся московских храмов (за пределами Московского Кремля.)
Между 1390 и 1427 годами Спасский собор был вновь перестроен, и белокаменный храм того времени сохранился до наших дней.
В интерьере Спасского собора уцелели фрагменты фресок, выполненных около 1428 года Даниилом Чёрным и Андреем Рублёвым, который был иноком Андроникова монастыря. Существует версия, что Андрей Рублёв скончался 17 октября (30 октября по н. ст.) 1428 года во время морового поветрия и был похоронен в монастыре (точное местонахождение могилы неизвестно)
.
Слева, Архангельский храм, на нижнем ярусе которого фамильная усыпальница Лопухиных с церковью иконы Знамения Божией Матери.
Монастырь неоднократно подвергался разорениям (1571, 1611,1812 ).
В августе 1653 в монастыре содержался под стражей протопоп Аввакум