Основан в 1875 году на базе духовной семинарии в составе 3 факультетов: богословского, юридического и философского. Первым ректором университета был доктор К. Томащук.
В период вхождения территории в Австро-Венгерскую империю до 1918 года преподавание велось на немецком языке.
После перехода в 1918 году Буковины в состав Румынии Черновицкий университет в 1920 году был преобразован в румынский Университет Имени Кароля I.
В 1940 году, после присоединения Северной Буковины к УССР, Черновицкий университет был преобразован в советский государственный (с 7 факультетами), с преподаванием на украинском языке.
27 июня 2011 года 35-я сессия комитета Всемирного наследия ЮНЕСКО приняла решение о включении в список Всемирного культурного наследия центрального корпуса университета — бывшей резиденции митрополитов Буковины и Далмации[